De acuerdo con el artículo 16 del Reglamento Interior del INE, la presidenta del órgano electoral podrá designar como encargado de despacho, en caso de ausencia del Secretario Ejecutivo, al Director Ejecutivo que reúna los requisitos de la Ley Electoral.
Quien ocupe el cargo lo hará por varias semanas o meses, hasta que la presidenta del INE, Guadalupe Taddei, presente ante el Consejo General un perfil de Secretario Ejecutivo que pueda alcanzar los ocho votos de consejeros que se requieren para aprobarlo.
En el 2008, la designación del Secretario Ejecutivo tardó tres meses, pues la propuesta que presentó el entonces presidente del IFE, Leonardo Valdés, no fue aceptada por los consejeros. En junio de ese año propuso a Edmundo Jacobo, quien fue avalado por la mayoría.
La Secretaría Ejecutiva es la plaza más importante del INE, ya que es la mano derecha de la presidencia del órgano electoral, supervisa el trabajo de direcciones, unidades y delegaciones estatales y distritales, está a cargo de la Unidad de lo Contencioso Electoral -que recibe las quejas de partidos y candidatos-, diseña el presupuesto y avala las plazas a contratar.